（1）房产再交易的限制。由于经济适用房所占土地是政府划拨地，购买者如果再次转让其房产，须就转让价格高于房产价值的部分向国家交纳土地收益金或者须在补交相关土地出让金后再将该房产连同土地使用权转让。而商品房的转让程序已经较为成熟。
（2）房产出租的限制。由于经济适用房不享有出让性质的土地使用权，所以租金收益中，除按照有关规定缴纳相关税费外，还应向国家交纳土地收益金。商品房的租金收入，只须按国家规定交纳相关税费即可。
（3）房产抵押的限制。由于经济适用房占地为国有划拨地，无法办理抵押登记手续。而商品房抵押登记程序是明确、顺畅的。
（4）房产继承问题。我国尚没有关于经济适用房继承问题的法律、法规。商品房的继承不存在问题。
法律法规保障体系的差异
商品房市场经过多年的发展，已经基本能够从认购、签订合约、入住办理产权证、物业管理等等环节得到政府的监督。经济适用房从政策出台到开始出售、认购不足半年时间，有关法规保障、监督体系尚不完善。
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